Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
COL6A3P12111 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A3P12111 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms