Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms