Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
RPUSD4Q96CM3 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms