Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL4A3Q01955 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL4A3Q01955 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.9 ms