Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
HOXA4Q00056 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC17.52■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
HOXA4Q00056 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms