Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL3A1P02461 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
COL3A1P02461 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC27.56■■■□□ 2
COL3A1P02461 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL3A1P02461 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COL3A1P02461 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC27.55■■■□□ 2
COL3A1P02461 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
COL3A1P02461 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
COL3A1P02461 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
COL3A1P02461 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC27.55■■■□□ 2
COL3A1P02461 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC27.55■■■□□ 2
COL3A1P02461 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL3A1P02461 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
COL3A1P02461 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
COL3A1P02461 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL3A1P02461 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL3A1P02461 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL3A1P02461 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
COL3A1P02461 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
COL3A1P02461 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL3A1P02461 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL3A1P02461 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL3A1P02461 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL3A1P02461 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
COL3A1P02461 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COL3A1P02461 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
COL3A1P02461 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL3A1P02461 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL3A1P02461 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
COL3A1P02461 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC27.53■■■□□ 2
COL3A1P02461 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL3A1P02461 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
COL3A1P02461 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
COL3A1P02461 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC27.53■■■□□ 2
COL3A1P02461 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC27.53■■■□□ 2
COL3A1P02461 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC27.53■■■□□ 2
COL3A1P02461 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL3A1P02461 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
COL3A1P02461 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL3A1P02461 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL3A1P02461 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL3A1P02461 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
COL3A1P02461 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
COL3A1P02461 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC27.52■■■□□ 2
COL3A1P02461 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL3A1P02461 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL3A1P02461 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL3A1P02461 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL3A1P02461 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL3A1P02461 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL3A1P02461 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
COL3A1P02461 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
COL3A1P02461 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL3A1P02461 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
COL3A1P02461 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC27.52■■■□□ 2
COL3A1P02461 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL3A1P02461 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL3A1P02461 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL3A1P02461 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL3A1P02461 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL3A1P02461 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
COL3A1P02461 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC27.51■■■□□ 2
COL3A1P02461 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC27.51■■■□□ 2
COL3A1P02461 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL3A1P02461 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms