Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC26.54■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC26.52■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC26.52■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
VAMP4O75379 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC26.49■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC26.48■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
VAMP4O75379 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms