Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC9Q9Y3X0 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.3 ms