Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIMA1Q9UHB6 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMA1Q9UHB6 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.3 ms