Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CCDC39Q9UFE4 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.4
CCDC39Q9UFE4 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms