Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC20.83■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
DKK3Q9UBP4 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC20.83■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC20.82■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC20.81■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC20.8■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
DKK3Q9UBP4 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms