Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC87Q9NVE4 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.5 ms