Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC24■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC24■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
TRERF1Q96PN7 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
TRERF1Q96PN7 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRERF1Q96PN7 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRERF1Q96PN7 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRERF1Q96PN7 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRERF1Q96PN7 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRERF1Q96PN7 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRERF1Q96PN7 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
TRERF1Q96PN7 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRERF1Q96PN7 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.8 ms