Protein–RNA interactions for Protein: P28068

HLA-DMB, HLA class II histocompatibility antigen, DM beta chain, humanhuman

Predictions only

Length 263 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-DMBP28068 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
HLA-DMBP28068 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms