Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
CCDC9Q9Y3X0 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC9Q9Y3X0 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.1 ms