Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC26.52■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC26.52■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CHMP4AQ9BY43 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms