Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC3Q9BQI4 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC3Q9BQI4 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms