Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
COL7A1Q02388 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
COL7A1Q02388 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
COL7A1Q02388 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
COL7A1Q02388 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
COL7A1Q02388 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
COL7A1Q02388 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
COL7A1Q02388 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC15.05■□□□□ 0
COL7A1Q02388 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC15.05■□□□□ 0
COL7A1Q02388 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
COL7A1Q02388 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL7A1Q02388 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL7A1Q02388 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL7A1Q02388 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
COL7A1Q02388 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL7A1Q02388 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL7A1Q02388 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
COL7A1Q02388 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
COL7A1Q02388 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC15.05■□□□□ -0
COL7A1Q02388 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC15.05■□□□□ -0
COL7A1Q02388 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
COL7A1Q02388 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL7A1Q02388 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
COL7A1Q02388 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL7A1Q02388 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL7A1Q02388 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL7A1Q02388 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
COL7A1Q02388 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
COL7A1Q02388 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL7A1Q02388 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL7A1Q02388 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL7A1Q02388 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL7A1Q02388 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL7A1Q02388 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL7A1Q02388 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC15.04■□□□□ -0
COL7A1Q02388 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
COL7A1Q02388 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC15.04■□□□□ -0
COL7A1Q02388 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL7A1Q02388 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
COL7A1Q02388 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
COL7A1Q02388 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
COL7A1Q02388 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
COL7A1Q02388 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
COL7A1Q02388 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
COL7A1Q02388 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
COL7A1Q02388 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
COL7A1Q02388 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
COL7A1Q02388 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
COL7A1Q02388 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
COL7A1Q02388 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
COL7A1Q02388 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
COL7A1Q02388 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
COL7A1Q02388 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
COL7A1Q02388 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
COL7A1Q02388 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
COL7A1Q02388 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC15.02□□□□□ -0.01
COL7A1Q02388 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
COL7A1Q02388 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
COL7A1Q02388 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
COL7A1Q02388 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
COL7A1Q02388 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC15.01□□□□□ -0.01
COL7A1Q02388 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
COL7A1Q02388 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
COL7A1Q02388 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
COL7A1Q02388 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
COL7A1Q02388 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms