Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.34
HOXA1P49639 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXA1P49639 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms