Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL6A3P12111 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL6A3P12111 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms