Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC11O43248 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC11O43248 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC11O43248 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC11O43248 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC11O43248 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC11O43248 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXC11O43248 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXC11O43248 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.3 ms