Protein–RNA interactions for Protein: H3BMG3

SMKR1, Small lysine-rich protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 65 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMKR1H3BMG3 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 BACE2-202ENST00000330333 2993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
SMKR1H3BMG3 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
SMKR1H3BMG3 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.3 ms