Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC9Q9Y3X0 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC9Q9Y3X0 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms