Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CCDC39Q9UFE4 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC24■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC23.95■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
CCDC39Q9UFE4 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms