Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP40Q9NVE5 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP40Q9NVE5 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms