Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
NUP88Q99567 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NUP88Q99567 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms