Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP4Q13107 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP4Q13107 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
USP4Q13107 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP4Q13107 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP4Q13107 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP4Q13107 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP4Q13107 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
USP4Q13107 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
USP4Q13107 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP4Q13107 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP4Q13107 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP4Q13107 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP4Q13107 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP4Q13107 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
USP4Q13107 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP4Q13107 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP4Q13107 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP4Q13107 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP4Q13107 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
USP4Q13107 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP4Q13107 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP4Q13107 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP4Q13107 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP4Q13107 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP4Q13107 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
USP4Q13107 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP4Q13107 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP4Q13107 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP4Q13107 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP4Q13107 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP4Q13107 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP4Q13107 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
USP4Q13107 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP4Q13107 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP4Q13107 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP4Q13107 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP4Q13107 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
USP4Q13107 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
USP4Q13107 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP4Q13107 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP4Q13107 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP4Q13107 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
USP4Q13107 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP4Q13107 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP4Q13107 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP4Q13107 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP4Q13107 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP4Q13107 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
USP4Q13107 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP4Q13107 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP4Q13107 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP4Q13107 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP4Q13107 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP4Q13107 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
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USP4Q13107 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP4Q13107 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP4Q13107 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
USP4Q13107 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP4Q13107 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP4Q13107 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP4Q13107 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP4Q13107 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP4Q13107 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP4Q13107 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP4Q13107 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP4Q13107 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP4Q13107 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP4Q13107 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP4Q13107 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP4Q13107 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
USP4Q13107 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
USP4Q13107 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP4Q13107 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
USP4Q13107 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP4Q13107 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP4Q13107 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
USP4Q13107 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
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