Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG1P18858 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG1P18858 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG1P18858 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG1P18858 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG1P18858 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG1P18858 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG1P18858 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG1P18858 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG1P18858 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG1P18858 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG1P18858 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG1P18858 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG1P18858 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIG1P18858 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG1P18858 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG1P18858 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG1P18858 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG1P18858 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG1P18858 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG1P18858 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG1P18858 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG1P18858 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG1P18858 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG1P18858 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG1P18858 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG1P18858 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG1P18858 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG1P18858 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIG1P18858 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIG1P18858 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG1P18858 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG1P18858 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG1P18858 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG1P18858 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG1P18858 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG1P18858 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG1P18858 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG1P18858 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG1P18858 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG1P18858 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG1P18858 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG1P18858 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG1P18858 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG1P18858 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIG1P18858 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIG1P18858 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIG1P18858 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIG1P18858 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
LIG1P18858 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIG1P18858 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIG1P18858 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIG1P18858 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIG1P18858 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
LIG1P18858 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIG1P18858 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIG1P18858 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIG1P18858 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
LIG1P18858 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIG1P18858 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIG1P18858 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIG1P18858 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIG1P18858 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIG1P18858 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIG1P18858 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIG1P18858 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIG1P18858 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIG1P18858 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIG1P18858 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIG1P18858 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIG1P18858 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIG1P18858 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIG1P18858 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIG1P18858 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIG1P18858 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIG1P18858 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIG1P18858 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIG1P18858 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIG1P18858 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIG1P18858 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC23.88■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.2 ms