Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP28Q96RU2 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.8 ms