Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
VPS53Q5VIR6 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS53Q5VIR6 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.2 ms