Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
LIMD1Q9UGP4 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
LIMD1Q9UGP4 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
LIMD1Q9UGP4 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC21.83■■□□□ 1.08
LIMD1Q9UGP4 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
LIMD1Q9UGP4 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMD1Q9UGP4 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
LIMD1Q9UGP4 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.9 ms