Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Z3

HCN3, Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 3, humanhuman

Predictions only

Length 774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HCN3Q9P1Z3 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC19.92■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC19.92■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
HCN3Q9P1Z3 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
HCN3Q9P1Z3 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.9 ms