Protein–RNA interactions for Protein: Q9H1J1

UPF3A, Regulator of nonsense transcripts 3A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3AQ9H1J1 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC23.45■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
UPF3AQ9H1J1 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
UPF3AQ9H1J1 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.33
UPF3AQ9H1J1 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
UPF3AQ9H1J1 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC23.39■■□□□ 1.33
UPF3AQ9H1J1 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
UPF3AQ9H1J1 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
UPF3AQ9H1J1 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
UPF3AQ9H1J1 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
UPF3AQ9H1J1 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
UPF3AQ9H1J1 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
UPF3AQ9H1J1 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
UPF3AQ9H1J1 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
UPF3AQ9H1J1 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
UPF3AQ9H1J1 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
UPF3AQ9H1J1 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
UPF3AQ9H1J1 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
UPF3AQ9H1J1 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
UPF3AQ9H1J1 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
UPF3AQ9H1J1 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.7 ms