Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC3Q9BQI4 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms