Protein–RNA interactions for Protein: Q92994

BRF1, Transcription factor IIIB 90 kDa subunit, humanhuman

Predictions only

Length 677 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRF1Q92994 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC24.66■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC24.64■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
BRF1Q92994 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.63■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
BRF1Q92994 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.6 ms