Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.11
USP54Q70EL1 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP54Q70EL1 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP54Q70EL1 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP54Q70EL1 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
USP54Q70EL1 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP54Q70EL1 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP54Q70EL1 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP54Q70EL1 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP54Q70EL1 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
USP54Q70EL1 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP54Q70EL1 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP54Q70EL1 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
USP54Q70EL1 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
USP54Q70EL1 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP54Q70EL1 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP54Q70EL1 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP54Q70EL1 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP54Q70EL1 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP54Q70EL1 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms