Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms