Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
COL18A1P39060 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC28■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC28■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL18A1P39060 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL18A1P39060 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL18A1P39060 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL18A1P39060 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL18A1P39060 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL18A1P39060 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL18A1P39060 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL18A1P39060 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL18A1P39060 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL18A1P39060 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL18A1P39060 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
COL18A1P39060 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms