Protein–RNA interactions for Protein: Q9H239

MMP28, Matrix metalloproteinase-28, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MMP28Q9H239 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MMP28Q9H239 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MMP28Q9H239 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MMP28Q9H239 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MMP28Q9H239 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MMP28Q9H239 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MMP28Q9H239 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MMP28Q9H239 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
MMP28Q9H239 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MMP28Q9H239 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MMP28Q9H239 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MMP28Q9H239 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
MMP28Q9H239 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
MMP28Q9H239 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
MMP28Q9H239 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
MMP28Q9H239 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
MMP28Q9H239 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
MMP28Q9H239 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
MMP28Q9H239 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MMP28Q9H239 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MMP28Q9H239 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MMP28Q9H239 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MMP28Q9H239 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
MMP28Q9H239 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
MMP28Q9H239 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
MMP28Q9H239 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
MMP28Q9H239 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
MMP28Q9H239 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
MMP28Q9H239 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
MMP28Q9H239 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
MMP28Q9H239 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
MMP28Q9H239 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.5 ms