Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
HOXC9P31274 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC36.17■■■■□ 3.38
HOXC9P31274 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.16■■■■□ 3.38
HOXC9P31274 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC36.16■■■■□ 3.38
HOXC9P31274 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
HOXC9P31274 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
HOXC9P31274 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC36.15■■■■□ 3.38
HOXC9P31274 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
HOXC9P31274 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC36.14■■■■□ 3.38
HOXC9P31274 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC36.14■■■■□ 3.38
HOXC9P31274 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
HOXC9P31274 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC36.12■■■■□ 3.37
HOXC9P31274 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
HOXC9P31274 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.11■■■■□ 3.37
HOXC9P31274 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.09■■■■□ 3.37
HOXC9P31274 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
HOXC9P31274 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC36.08■■■■□ 3.37
HOXC9P31274 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC36.08■■■■□ 3.37
HOXC9P31274 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC36.07■■■■□ 3.36
HOXC9P31274 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
HOXC9P31274 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC36.06■■■■□ 3.36
HOXC9P31274 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
HOXC9P31274 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
HOXC9P31274 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC36.05■■■■□ 3.36
HOXC9P31274 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
HOXC9P31274 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
HOXC9P31274 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
HOXC9P31274 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
HOXC9P31274 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
HOXC9P31274 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
HOXC9P31274 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
HOXC9P31274 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
HOXC9P31274 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
HOXC9P31274 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC35.99■■■■□ 3.35
HOXC9P31274 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
HOXC9P31274 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC35.99■■■■□ 3.35
HOXC9P31274 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC35.98■■■■□ 3.35
HOXC9P31274 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
HOXC9P31274 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.98■■■■□ 3.35
HOXC9P31274 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
HOXC9P31274 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC35.96■■■■□ 3.35
HOXC9P31274 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC35.96■■■■□ 3.35
HOXC9P31274 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
HOXC9P31274 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.91■■■■□ 3.34
HOXC9P31274 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
HOXC9P31274 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC35.89■■■■□ 3.34
HOXC9P31274 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC35.89■■■■□ 3.34
HOXC9P31274 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.88■■■■□ 3.33
HOXC9P31274 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC35.88■■■■□ 3.33
HOXC9P31274 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
HOXC9P31274 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
HOXC9P31274 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.86■■■■□ 3.33
HOXC9P31274 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC35.86■■■■□ 3.33
HOXC9P31274 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC35.86■■■■□ 3.33
HOXC9P31274 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
HOXC9P31274 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
HOXC9P31274 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.84■■■■□ 3.33
HOXC9P31274 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.33
HOXC9P31274 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.82■■■■□ 3.32
HOXC9P31274 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.32
HOXC9P31274 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC35.81■■■■□ 3.32
HOXC9P31274 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC35.8■■■■□ 3.32
HOXC9P31274 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.8■■■■□ 3.32
HOXC9P31274 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC35.8■■■■□ 3.32
HOXC9P31274 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC35.8■■■■□ 3.32
HOXC9P31274 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC35.79■■■■□ 3.32
HOXC9P31274 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
HOXC9P31274 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
HOXC9P31274 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
HOXC9P31274 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC35.77■■■■□ 3.32
HOXC9P31274 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC35.77■■■■□ 3.32
HOXC9P31274 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.76■■■■□ 3.32
HOXC9P31274 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC35.76■■■■□ 3.31
HOXC9P31274 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.31
HOXC9P31274 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC35.75■■■■□ 3.31
HOXC9P31274 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC35.75■■■■□ 3.31
HOXC9P31274 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
HOXC9P31274 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC35.74■■■■□ 3.31
HOXC9P31274 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC35.73■■■■□ 3.31
HOXC9P31274 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC35.73■■■■□ 3.31
HOXC9P31274 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC35.73■■■■□ 3.31
HOXC9P31274 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC35.73■■■■□ 3.31
HOXC9P31274 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC35.72■■■■□ 3.31
HOXC9P31274 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC35.71■■■■□ 3.31
HOXC9P31274 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC35.7■■■■□ 3.31
HOXC9P31274 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
HOXC9P31274 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
HOXC9P31274 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC35.65■■■■□ 3.3
HOXC9P31274 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
HOXC9P31274 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
HOXC9P31274 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
HOXC9P31274 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
HOXC9P31274 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.62■■■■□ 3.29
HOXC9P31274 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
HOXC9P31274 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.62■■■■□ 3.29
HOXC9P31274 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
HOXC9P31274 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
HOXC9P31274 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
HOXC9P31274 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC35.6■■■■□ 3.29
HOXC9P31274 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC35.6■■■■□ 3.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms