Protein–RNA interactions for Protein: P05556

ITGB1, Integrin beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 798 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ITGB1P05556 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
ITGB1P05556 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
ITGB1P05556 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
ITGB1P05556 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
ITGB1P05556 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
ITGB1P05556 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
ITGB1P05556 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
ITGB1P05556 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
ITGB1P05556 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
ITGB1P05556 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC29.06■■■□□ 2.24
ITGB1P05556 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
ITGB1P05556 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
ITGB1P05556 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
ITGB1P05556 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
ITGB1P05556 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
ITGB1P05556 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
ITGB1P05556 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
ITGB1P05556 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
ITGB1P05556 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC28.98■■■□□ 2.23
ITGB1P05556 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
ITGB1P05556 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
ITGB1P05556 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
ITGB1P05556 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
ITGB1P05556 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
ITGB1P05556 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
ITGB1P05556 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
ITGB1P05556 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
ITGB1P05556 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
ITGB1P05556 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
ITGB1P05556 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
ITGB1P05556 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
ITGB1P05556 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC28.91■■■□□ 2.22
ITGB1P05556 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC28.9■■■□□ 2.22
ITGB1P05556 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
ITGB1P05556 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
ITGB1P05556 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
ITGB1P05556 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
ITGB1P05556 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
ITGB1P05556 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
ITGB1P05556 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
ITGB1P05556 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
ITGB1P05556 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
ITGB1P05556 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
ITGB1P05556 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
ITGB1P05556 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
ITGB1P05556 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
ITGB1P05556 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
ITGB1P05556 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
ITGB1P05556 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.2
ITGB1P05556 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
ITGB1P05556 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
ITGB1P05556 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC28.82■■■□□ 2.2
ITGB1P05556 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
ITGB1P05556 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
ITGB1P05556 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
ITGB1P05556 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
ITGB1P05556 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
ITGB1P05556 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
ITGB1P05556 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
ITGB1P05556 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
ITGB1P05556 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
ITGB1P05556 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
ITGB1P05556 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
ITGB1P05556 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
ITGB1P05556 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC28.76■■■□□ 2.2
ITGB1P05556 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
ITGB1P05556 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC28.76■■■□□ 2.19
ITGB1P05556 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
ITGB1P05556 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
ITGB1P05556 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
ITGB1P05556 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
ITGB1P05556 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
ITGB1P05556 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
ITGB1P05556 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
ITGB1P05556 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
ITGB1P05556 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
ITGB1P05556 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
ITGB1P05556 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
ITGB1P05556 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
ITGB1P05556 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
ITGB1P05556 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
ITGB1P05556 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
ITGB1P05556 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
ITGB1P05556 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
ITGB1P05556 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.19
ITGB1P05556 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
ITGB1P05556 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
ITGB1P05556 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
ITGB1P05556 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
ITGB1P05556 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC28.69■■■□□ 2.18
ITGB1P05556 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
ITGB1P05556 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
ITGB1P05556 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
ITGB1P05556 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
ITGB1P05556 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
ITGB1P05556 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
ITGB1P05556 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
ITGB1P05556 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
ITGB1P05556 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
ITGB1P05556 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms