Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CCDC39Q9UFE4 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms