Protein–RNA interactions for Protein: Q9H1J1

UPF3A, Regulator of nonsense transcripts 3A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3AQ9H1J1 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
UPF3AQ9H1J1 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
UPF3AQ9H1J1 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.8 ms