Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC112Q8NEF3 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC112Q8NEF3 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.8 ms