Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.4 ms