Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC28.84■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC28.83■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
NPHP3Q7Z494 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC28.8■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.8■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
NPHP3Q7Z494 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms