Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIG3P49916 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIG3P49916 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIG3P49916 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIG3P49916 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIG3P49916 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIG3P49916 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIG3P49916 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
LIG3P49916 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
LIG3P49916 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
LIG3P49916 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
LIG3P49916 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
LIG3P49916 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
LIG3P49916 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIG3P49916 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIG3P49916 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIG3P49916 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIG3P49916 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIG3P49916 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIG3P49916 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIG3P49916 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIG3P49916 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIG3P49916 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
LIG3P49916 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC21.88■■□□□ 1.09
LIG3P49916 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIG3P49916 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIG3P49916 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIG3P49916 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIG3P49916 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIG3P49916 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIG3P49916 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIG3P49916 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIG3P49916 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIG3P49916 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIG3P49916 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
LIG3P49916 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIG3P49916 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIG3P49916 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIG3P49916 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIG3P49916 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
LIG3P49916 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
LIG3P49916 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms