Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCA1P28370 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SMARCA1P28370 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.8 ms