Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
HOXD9P28356 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms