Protein–RNA interactions for Protein: P28068

HLA-DMB, HLA class II histocompatibility antigen, DM beta chain, humanhuman

Predictions only

Length 263 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-DMBP28068 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
HLA-DMBP28068 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
HLA-DMBP28068 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms